羊肚菌秃顶菇的发生主要由以下两个原因造成：

1.遭遇极端恶劣气候：羊肚菌是一种低温型食用菌，其原基分化和幼菇生长发育阶段对气候非常敏感。在原基分化和幼菇生长发育期间，如果遇到气温突然升高或陡降，以及狂风暴雨等极端恶劣气候，会导致剧烈的高温或低温刺激，从而出现原基消失和幼菇死亡的问题。此外，遮荫棚架如果在极端天气下倒塌或损坏，会影响菌床，进而影响原基和幼菇的生长，导致减产甚至绝收。因此，种植户应该在出菇管理阶段密切关注当地的天气预报，并及时采取通风降温或盖膜保温、加固出菇遮荫棚架等防范措施。

2.出菇管理欠缺科学：出菇管理是羊肚菌种植的关键技术，管理措施的到位程度直接关系到羊肚菌的单产和品质。如果栽培地块选择不当，如地势低洼、土壤瘠薄、土质“板结”、排灌水困难，会导致菌床积水、覆土层透气性差，从而影响羊肚菌菌丝的生长，导致菌丝瘦弱甚至死亡、出菇少甚至不出菇。此外，如果不适时淋水催蕾，原基分化数量会减少，幼菇数量也会减少，甚至不分化原基，这也会导致减产甚至颗粒无收。