有的
南京站到深圳目前没有直达路线，推荐12条中转路线：
分别为：D2281、D2113、G1665、G2784、D375、G2788、K36、G7616转G2793、G7264转G2793、D3235转G697、G1549转G6001、D3141转T101，可根据自己需求选择。
有
k33次是由苏州开往深圳的一趟快速列车，苏州站13：00分开车，停无锡，常州，镇江后16：06分到达南京，停车18分钟。南京开车后经停马鞍山，芜湖，东至，九江，吉安，兴国，赣州，龙南，定南，龙川，河源，惠州，东莞东等站，于次日的14：56分抵达深圳站。
有！是南京站发往广州途经九江的，每天下午三点四十分发往广州，到达广州需二十六小时，到达九江是晚上十点左右，价格也美丽！