1.编制预算：行政事业单位根据上级部门的要求，对二级单位的经费进行预算编制，包括预算收入和支出。
2.审核预算：经过内部审核，预算方案提交给上级部门进行审核。
3.下达预算：审核通过后，上级部门下达预算，并通知二级单位。
4.执行预算：二级单位按照预算执行经费收支，包括收入和支出。
5.核算经费：行政事业单位定期对二级单位的经费进行核算，包括预算执行情况、收支情况和账务清查等。
6.报告上级部门：定期向上级部门报告预算执行情况、经费使用情况和财务状况，接受上级部门的监督和指导。
需要注意的是，行政事业单位应当按照法律法规、财务制度和预算管理要求，规范经费收支，保障经费使用的合法性、合理性和安全性。
项目支出有结余资金和结转资金，对下一年度需要按照原用途继续使用的资金要记入结转资金，对下一年度不是按照原用途继续使用的资金要记入结余资金;对某一预算年度安排的项目支出，连续两年未使用或连续三年仍未使用完形成的剩余资金，也要记入结余资金管理。
项目支出：通常理解为单位为完成特定的行政工作任务(或单位为完成事业发展目标)，在基本支出之外发生的各项支出。主要是：年初预算时列“支出项目”上报的预算和上级(或本级)追加的预算开支的支出。 也含单位从财政部门和主管部门取得的有指定项目和用途的专项资金(财政资金或其他资金，列入单位预算管理的都应该包含在内)。