新农合在诊所报销的具体流程如下：首先，患者需要携带自己的新农合卡到诊所挂号，挂号时告知医生自己是新农合参保人员。

就诊完毕后，诊所会提供一份病历记录和发票，患者需要将这些材料交给诊所的财务部门。

财务部门会核对患者的新农合卡信息，并将病历记录和发票进行备案。

随后，诊所会将患者的病历记录和发票报送给当地的新农合管理部门进行审核。

审核通过后，新农合会按照规定的报销比例将费用直接打入患者的银行账户中。患者可以通过银行卡查询到报销款项的到账情况。