个体工商户在汇算清缴时发现应纳税额为负数，通常表示其预缴的税款超过了实际应缴税款。要将其调整为零，个体工商户可以采取以下步骤：
首先，核实负数的原因，确保计算的准确性；
其次，如果确实存在多缴税款的情况，可以向税务机关提出退税申请，将多缴的税款退回；
最后，确保未来预缴税款时更加准确，避免出现类似情况。通过这些措施，个体工商户可以将汇算清缴的负数调整为零。
根据中国税法规定，个体工商户开具专用发票需要遵守相关规定，不能随意开具。个体工商户开具专用发票需要满足一定条件和程序，否则可能会涉及违法行为。建议个体工商户严格遵守税法规定，按照要求进行专用发票开具。
个体工商户汇算清缴是根据纳税人按规定缴纳的各项税费进行汇算的，如果发现结果为负数，说明纳税人所缴纳的税费超出了其应缴纳税费的总额，为此需要纳税人及时调整其申报的数据，使其汇算清缴结果为零。
在调整过程中，纳税人需要核实各项申报数据的准确性，如有误差需要及时更正。此外，个体工商户也应根据需要咨询税务机关，以确保自己的汇算清缴结果正确、合法。