真菌分为酵母菌、霉菌和蕈菌。
1、酵母菌：是一些单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。一种肉眼看不见的微小单细胞微生物，能将糖发酵成酒精和二氧化碳，分布于整个自然界，是一种典型的兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都能够存活，是一种天然发酵剂。
2、霉菌：是丝状真菌的俗称，意即“发霉的真菌”，它们往往能形成分枝繁茂的菌丝体，但又不象蘑菇那样产生大型的子实体。在潮湿温暖的地方，很多物品上长出一些肉眼可见的绒毛状、絮状或蛛网状的菌落，那就是霉菌。
3、蕈菌：英语中的mushroom是一个多义词，作为生物名称通常译作蘑菇，是指担子菌中的那些伞菌，特别是双孢菇中的白蘑菇。mushroom还有一个更广义的解释，指能形成大型肉质子实体的真菌，与macrofungi 同义，这一语义按照国际知名学者张树庭的建议译作蕈菌。
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有营养繁殖、无性生殖和有性生殖等。
1.营养生殖：
营养繁殖中常见的如菌丝断裂，每一条断裂的菌小段都可发育成一个新的菌丝体。有些单细胞真菌，如裂殖酵母以细胞分裂方式进行繁殖。有的从母细胞上以出芽方式形成芽孢子进行繁殖，如酿酒酵母。
2.无性生殖：
无性生殖产生各种类型的孢子，如孢囊孢子、分生孢子等。孢囊孢子是在孢子囊内形成的不动孢子。分生孢子是由分生孢子梗的顶端或侧面产生的一种不动孢子。这些无性孢子在适宜的条件下萌发形成芽，芽管又继续生长而形成新的菌丝体。
3.有性生殖：
真菌生长发育到一定时期就进行有性生殖。有性生殖是经过两个性细胞结合后细胞核产生减数分裂产生孢子的繁殖方式。多数真菌由菌丝分化产生性器官即配子囊，通过雌、雄配子囊结合形成有性孢子。
所以真菌的生殖方式主要通过以上方式进行生殖。