金门和马祖都是中国领土，位于福建省东南沿海附近。其中，金门县面积约为93.3平方千米，马祖地区总面积约为96.6平方千米。从面积上看，马祖略大于金门。

金门县隶属于福建省泉州市，位于福建省东南沿海，距离大陆约5.5千米。金门地区包括大金门、小金门、大担、二担等岛屿，以岛内著名的金门高粱酒、贡糖、线面等特产闻名。

马祖地区原隶属于福建省连江县、长乐县与罗源县，现由台湾当局的福建省连江县管辖。马祖位于福建省福州市东南方向，包括南竿、北竿、莒光、东引等岛屿。马祖地区以独特的自然景观、战地风光和海鲜美食吸引游客。

总的来说，金门和马祖面积相差不大，马祖略大于金门。两个地区都有独特的地理特点和旅游资源。