马桶孔比瓷砖低2公分确实是个需要妥善处理的问题。这种情况可能导致马桶安装后与地面不平齐，不仅影响美观，还可能影响使用的舒适度。

针对这一问题，一种常见的处理方法是使用专门的垫高材料或加长马桶的排污管，使其与瓷砖平齐。这样可以确保马桶安装后既稳固又美观。此外，在安装过程中，还需要注意确保马桶与排污管连接紧密，避免出现渗漏等问题。

总之，处理马桶孔比瓷砖低的问题需要细心和耐心，确保安装质量和使用的舒适度。建议寻求专业安装人员的帮助，以确保问题得到妥善解决。